El monasterio más antiguo de la diócesis es el de las Benedictinas de Valfermoso de las Monjas, fundado en 1186 y también el que cuenta con mayor número de hermanas, seguido de las Carmelitas Descalzas de Guadalajara y las Clarisas de Sigüenza, según han confirmado fuentes del Obispado.
En cuanto a los monasterios que cuentan con menor número de monjas se sitúan las Concepcionistas de Pastrana y las de Guadalajara.
Además de los citados monasterios, las Clarisas, al margen de Sigüenza, cuentan con un convento en Molina de Aragón; hay Carmelitas Descalzas en el barrio guadalajareños de Iríepal y en la capital, y están los Cistercienses en Buenafuente del Sistal y en Brihuega.
Además, también cabe reseñar el convento de las Ursulinas en Sigüenza, las Capuchinas de Cifuentes y las Concepcionistas Franciscanas en Guadalajara capital.