La Agencia Estatal Antidopaje colabora con las Fuerzas y Cuerpos de Seguridad del Estado y con el castellano-manchego, Javier Martín del Burgo, se establecieron canales de información y colaboración sobre capítulos como peritaje, sustancias incautadas, analíticas, etc., en orden a las investigaciones pertinentes sobre posibles delitos de venta, suministro de sustancias prohibidas dopantes a deportistas profesionales y no profesionales.
Durante el período de septiembre de 2008 a marzo de 2012, como máximo responsable de la Agencia Estatal Antidopaje, se efectuaron más de 50 operaciones policiales por Fuerzas y Cuerpos de Seguridad del Estado (Guardia Civil, Policía Nacional y Autonómicas), en las que se incautaron miles de sustancias, que fueron retiradas del mercado y puestos a disposición judicial los correspondientes imputados.
Francisco Javier Martín del Burgo además ha ocupado otros puestos de responsabilidad a lo largo de su extensa carrera como viceconsejero del Gobierno regional, diputado y presidente de la Diputación de Ciudad Real, entre otros cargos.