En 1988 asciende a magistrado, cargo que desempeña en Las Palmas de Gran Canaria y, desde 1989, en Madrid, donde trabaja como juez de lo Penal y, posteriormente, como magistrado de la Audiencia Provincial. Fue Portavoz de la asociación judicial Jueces para la Democracia (JpD) entre los años 1994 y 1998 y Vocal del Consejo General del Poder Judicial (CGPJ) desde noviembre de 2001 hasta enero de 2004.
Antes de las últimas elecciones generales de 2004, Zapatero, por entonces líder del PSOE en la oposición, le instó a optar a un escaño en el Congreso, que finalmente ganó. Sin embargo, Alonso, pese a tener un escaño y ser nombrado Ministro del Interior, aún no tiene el carné de miembro del Partido Socialista.
Casado y con un hijo, Alonso ha participado en numerosos cursos universitarios y conferencias relacionadas con el lenguaje, la economía, las leyes y la historia españolas incluso ha colaborado con varias instituciones. A Alonso, además, le gusta la filosofía y ha escrito varios ensayos políticos.
En abril de 2006, la dimisión de
José Bono como Ministro de Defensa conllevó su nombramiento para el cargo, dejando la cartera de Interior a
Alfredo Pérez Rubalcaba. Desde este gabinete envió las tropas del ejercito español al Líbano después de la invasión de ese país por su vecino Israel, y aumentó las tropas en Afganistan donde había efectivos desde la anterior legislatura.
Este 24 de marzo ha sido nombrado portavoz del PSOE en El Congreso en sustitucion de
Diego López Garrido.
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