Aunque el Gobiermo respeta esta sentencia, entiende que el pronunciamiento del tribunal andaluz va "
en sentido contrario" a las sentencias dictadas por los tribunales superiores de Asturias y Cataluña, en las que se descarta la objeción de conciencia en casos similares.
Por ello, presentará un recurso de Casación, de tal manera que el Alto Tribunal fijará el criterio sobre este problema planteado por colectivos de familias contrarios a los contenidos de la asignatura contenida en la Ley Orgánica de Eduación.
Por su parte, la Fiscalía de Sevilla ha anunciado que presentará un recurso contra la misma sentencia (que formalizará en un plazo de 30 días), al entender que se produce una "interpretación errónea" de este derecho, reconocido en el artículo 30.1 de la Constitución Española, informaron fuentes de la Fiscalía General del Estado.
Las mismas fuentes señalaron que también se da una interpretación errónea de la jurisprudencia relativa a los artículos 16.1 y 27.8 de la Constitución Española, referidos a la libertad ideológica, religiosa y de culto y a la intervención de los poderes públicos para garantizar el cumplimiento de las leyes, respectivamente.
Asimismo, la Fiscalía de Sevilla alega en su recurso que el fallo del TSJ andaluz vulnera el Régimen Jurídico de las Comunidades Autónomas y, concretamente, su artículo 88.1 sobre la imposibilidad de las Administraciones públicas a celebrar pactos o convenios contrarios al ordenamiento jurídico.