El Centre Intermodal del Baix Llobregat abastarà una àrea de 47.000 metres quadrats. L'estació s'estructurarà a partir d'un gran edifici singular amb forma el·líptica, amb un vestíbul comú de 8.750 metres quadrats i oferirà un nou espai en superfície de 18.100 metres quadrats, contigu al nou edifici, dissenyat prioritàriament per donar servei al transport públic viari, taxis i autobusos, així com per a parades de curta durada. Disposarà d'un nou aparcament soterrat per a vehicles privats amb capacitat per a 604 cotxes, sota l'espai destinat al transport públic viari.
El nou centre serà un dels principals nusos de transport públic intermodal de la regió metropolitana de Barcelona per la seva ubicació estratègica, atès que permetrà la connexió entre la línia del TAV, els serveis ferroviaris de rodalies i mitja distància, l'enllaç amb l'aeroport de Barcelona, el Metro (L9, L2 i L1), i el transport públic col·lectiu per carretera, amb connexió amb els principals eixos viaris d'aquesta àrea com ara la C-31 i C-32 . Així, es configura com un punt especialment estratègic en la xarxa de transport públic del territori, com també ho són ara l'estació de Sants i, en el futur, la Sagrera TAV, a Barcelona.
Se situarà al límit nord del nucli històric del Prat de Llobregat, en una àrea amb un important creixement urbanístic previst que donarà continuïtat al nucli urbà cap al nord. Aquest emplaçament coincideix amb el de l'actual estació de Rodalia del Prat de Llobregat. Es preveu que el nou centre intermodal doni servei a 17 milions de viatgers l'any 2025.